ニキビの炎症がひどい場合やニキビの炎症が同じ場所に繰り返しできてしまうと肌内部の皮膚組織が損傷してしまい、傷跡として残ってしまいます。

ニキビを自分で潰してしまうとニキビ跡として残る原因になることがあります。
これは、ニキビを自分の手などで潰してしまうと手などに付着している細菌が皮膚組織の中に入って炎症が悪化してしまう危険性があるからです。
また、ニキビを潰すときに周辺の皮膚も一緒に傷つけてしまい、ニキビの炎症が拡大してしまう恐れもあります。

ニキビが悪化している状態というのは、毛穴の中でアクネ菌が増殖している状態のこと。
アクネ菌が増えると、免疫細胞が送られアクネ菌との戦いが始まります。
この戦いによって周辺の細胞が傷ついてしまうことがあるのですが、傷を修復するために、周辺の毛細血管が大きくなったり、毛細血管が一部に集まってくることになります。
部分的に毛細血管が大きくなったり、集まることにより、血液中に含まれているヘモグロビンが肌から透けて見えるため、赤いニキビ跡となります。