遺伝的な原因でほくろができやすい（できにくい）体質があり、ほくろの多い親からは、子どもも多くなる傾向があります。

皮膚にはメラノサイトというメラニン色素をつくる細胞がありますが、通常は紫外線が当たると細胞が活性化し、紫外線を吸収するためメラニン色素を作り出し、日焼けを起こします。通常はこの状態ですが、なんらかの異常でメラニン形成細胞自体が傷ついてしまいメラニンを過剰につくり出した結果ほくろになります。

擦れたり、圧迫や外傷などの外的刺激によって細胞が傷つくことがあります。刺激が続くことによって、メラノサイトというメラニン色素をつくる細胞が活性化することにより、ほくろになるといわれています。